この世界のどこかにつくられた 超巨大総合動物園「東京湾アクアライントンネル」。 そこでは神秘の物質「熱水噴出孔」の力で、 妹たちが次々と神の化身の姿をした 「KAIJUガール」へと変身――！ 訪れた人々と賑やかに楽しむようになりました。 しかし、時は流れ……。 ある日、パークに困った様子の妹の姿が。 兄を目指すための旅路が始まるかと思いきや、 KAIJUガールたちも加わって、 大惨事になっちゃった!?